一般人听到制备液相色谱仪，想到的都是大容量和高流速，其实它的主要作用不只是在于此。制备液相色谱仪的目的是为了对产品的单体进行提纯，分离操作。所以在对产品纯度要求越来越高的领域，有广泛的应用。而且这种方法更加简单有效。比如生化，制药等领域，对产品的要求非常高，现在普遍都在使用制备液相色谱仪。
因为制备液相色谱仪提纯度比较高，所以一般用在实验室。可以应用的领域包括，天然药物化学，中药化学领域。植物天然药物，需要了解成分，过去是使用开放手工色谱柱，然而在实际应用中，因为使用量大，所以不能很好的满足需求。这就需要有制备液相色谱仪的使用，而且现在比较广泛，一般的天然药化实验室都会至少拥有一台。
在蛋白纯化领域，也会使用到。以前是使用的外国仪器，然而这些仪器在实际应用中并不是特别适用。所以现在国内的色谱仪就可以更好的发挥作用了，而且发展势头很好，也可以看出科技的进步非常迅速。
药物杂质纯化领域，使用合成的方法，难保杂质会完全去除，为了保障药物的纯度，和检测杂质的含量，就需要用到制备液相色谱仪。另外，在有机合成领域，可以用来做手性化合物的制备。可见，在天然药化领域，不能缺少制备液相色谱仪的使用，虽然传统的开放手工柱还在广泛使用着，不过因为领域有所不同，加上要求的提高，这种方式的作用也就越来越凸显了，未来可能会更加普及，而且速度更快，为这些领域发挥重要的作用。让产品纯度更加好，利于合成和研究，而且工作效率更高。
